Сервер можно запускать в двух режимах:
В режиме работы как консольного приложения сервер выводит все сообщения и критические ошибки в консоль, а также в файл сообщений (имя файла - navis2.log). Запись событий ведется также по каждому серверу мониторинга отдельно (имя файла – ИМЯ_СЕРВЕРА.log). В режиме работы как служба Windows сообщения записываются только в файл, а критические ошибки – в файл и журнал системных сообщений (Журнал приложений).
Обычно, директория, в которую сохраняются файлы настроек сервера и файлы событий такая (для разных операционных систем):

Отдельно стоит отметить, что для запуска сервера, текущий пользователь должен иметь права администратора.